Panel temizliğinde en önemli unsurlardan birisi elbette sudur. Kullanıcılar panel temizliğinde ‘yağmur suyunun’ etkili ve yeterli olabileceğini düşünür. Ancak temizlik yapılan suyun ‘saf’ olması gerekmektedir, bunun için arıtma veya ozmos su kullanılabilir. Şebeke suyu, kuyu suyu veya taşıma su ile yapılan temizlik güneş panellerinin ömrünü kısaltır. Temizlik sırasında panellerin termal şok yaşama ihtimaline karşı panel ve su sıcaklığının paralel olması gerekmektedir. Bu unsurlara ek olarak temizlikte alkol bazlı temizlik ürünleri mevcuttur ama panellere zarar verecek kimyasalların kullanılmaması oldukça önemlidir. Güneş enerjisi panellerinin zarar görmemesi ve verimliliklerinin azalmaması adına temizliği rutin olarak devam ettirmek ve düzenli bakım yaptırmak GES kurulumları için hayati önem taşır. Temizlik sırasında panellerin üzerine basmak, üzerlerinde yürümek sıklıkla yapılan hatalar arasındadır. Ancak bu durum zaman içerisinde panellerde mikro çatlaklar oluşmasına sebep olabilir ve panellerde kalıcı hasarlar meydana gelebilir. Buna ek olarak temizlik için kullanılan yöntemin veya cihazın da panellere zarar vermediğine emin olmak gerekir.